dotnetlogo2思いもよらなかった。たぶん解決。速効で。
同僚がピーンときたようで、多分それ正解。
Pen オブジェクトの幅もピクセル単位ですね。
Pen オブジェクトで描画する線は PictureBox の内側に向かって攻めてくるものだとばかり思ってた。
実は PictureBox の枠のラインが Pen オブジェクトで書いた線の中心線なんじゃないか、と。
図太い線を引いても線の半分は PictureBox の外側にはみ出る。はみ出た部分は描画領域外なので目に見えない、と。
ははーん。

これで週末はメタルギアと教授の DVD と忘年会に専念できますな。
感謝感謝