とりあえず VBScript で。

test.vbs
' いろんな処理 '
' ・・・ '
' ・・・ '
MsgBox "このスクリプトはまもなく消滅する。"

Dim myFullName
myFullName = WScript.ScriptFullName
Dim fso
Set fso = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
fso.DeleteFile myFullName

MsgBox "このスクリプトはすでに消滅している。"
WSH がソースファイルを一気にメモリに読み込んで、すぐにファイルを閉じちゃうのかなぁ。
クライアント管理なんかで、1回こっきりの処理をやらせたいとき、クライアントのスタートアップに置いておく VBScript ファイルにこれを書いておけば自動消滅してくれるね。