及川さんのブログからの情報です。
Windows Vista では引き続き 16ビットアプリケーションを実行するための機能を提供しますが、Windows XP までのように「日本独自の 16ビット機能」ではなく、「英語版と同じ 16ビット機能」になるようです。
kkcfunc.sys、msimek.sys、msimei.sys などもモードされなくなるため Windows Vista 上で「日本語を使う 16ビットアプリケーション」を使うと日本語が正しく処理されなくなります。

私の周りでは 16ビットアプリケーション（というか Windows 3.1 用アプリケーション）を使う PC は Windows 95 OSR2（なつかしい・・・）をだましだまし使ってる状態でして、何しろスキャナが指定する SCSI カードやスキャナのドライバがかろうじて Windows 95 までしか対応していないため心配ありませんが。
心の中では早く PC 自体が壊れてしまい、最新の機材に換えざるを得ない状況になってもらいたいと思っておりますが・・・