WSUS は Windows 2000 Server か Windows Server 2003 上で運用します。
同時に使用するデータベースは、SQL Server 2000 のいずれかのエディションです。
SQL Server として無料の MSDE を選択した場合、Windows 2000 Server であれば SQL Server 2000 Desktop Engine(MSDE とか MSDE2000 と呼ばれている)を利用し、Windows Server 2003 であれば同じく SQL Server 2000 Desktop Engine という名称ではありますが実際には別製品の WMSDE(WSUS のインストールセットに同梱されてるそうです) という製品を利用します。(オイラの環境で WSUS を導入してないのがバレバレだねw)
WSUS の FAQ

MSDE2000 は DB のファイルサイズに 2GB 制限がありますので、Windows 2000 Server で WSUS を運用する場合はいずれこの制限に引っかかってしまいます。これを回避するには MSDE2000 ではなくて有償のエディション(SQL Server 2000 Standard 以上)を使う必要があります。
Windows Server 2003 と共に使用する WMSDE は WSUS を安全に運用するために 2GB の制限が解除されてます。
しかし Windows Server 2003 + WSUS + WMSDE を日本語環境で運用すると、WMSDE に 2GB 制限が出てしまうバグがあります。
Windows Server Update Services 日本語版の SQL Server 2000 Desktop Engine (Windows) データベースサイズが 2G バイトに制限される問題について
WSUS を新規にインストールする場合は WSUSSetup.exe /l:ENU というオプションをつけてインストールをすれば回避できます。
すでに WSUS を導入している環境で回避するにはマイクロソフトのサポート情報「WMSDE のデフォルトのデータベース構成を使用して Windows Server Update Services を展開するとエラー イベント 386 およびその他の同期の問題が発生する」に書いてある通り、WMSDE のデータベースをバックアップし、WSUS をアンインストール。WSUS を先のオプションで再インストール。WSUS と IIS のサービスをストップして、バックアップしておいたデータベースを復元。IIS と WSUS のサービスを再開。
という作業を行います。