dotnetlogo2結果、たぶん復旧できました。けどここに書いてある方法が正解かどうかの保証はありません。まぁテストのための構築ですし。
とりあえず DotNetNuke 的にはモジュールのアップデートなどはどういったロジックなんでしょうかね、てなことで HTML_04.05.00_Install.zip の中身と DotNetNuke_4.3.7_Install.zip をそれぞれ解凍して解析してみました。

4.3.7_Install.zip のインストーラを解凍した中の Install\Module\HTML_3.3.0_Install.zip を取り出して更に別の場所に解凍。
解凍されたファイルの数は 10個。全て更新日時は 2006/07/04 22:51 となっています。
03.00.00.SqlDataProvider
03.01.00.SqlDataProvider
DNN_HTML.dnn
DotNetNuke.Modules.Html.dll
DotnetNuke.Modules.Html.SqlDataProvider.dll
EditHtml.ascx
EditHtml.ascx.resx
HtmlModule.ascx
HtmlModule.ascx.resx
Uninstall.SqlDataProvider

HTML_04.05.00_Install.zip をまた別の場所に解凍。
解凍されたファイルの数は 16個。更新日時は 2007/02/23 15:51、2007/02/27 16:27、2007/04/02 11:10 が混じってます。
03.00.00.SqlDataProvider
03.01.00.SqlDataProvider
04.05.00.txt
DataProvider.vb
EditHtml.ascx
EditHtml.ascx.resx
EditHtml.ascx.vb
htmlModule.ascx
HtmlModule.ascx.resx
HtmlModule.ascx.vb
HtmlTextController.vb
HtmlTextInfo.vb
Uninstall.SqlDataProvider
04.05.00.SqlDataProvider
SqlDataProvider.vb
DNN_HTML.dnn

たぶん DotNetNuke がモジュール群をアップデートする際の動作って、これらの中にある XML で記述された設定ファイルを読み込んで適切な場所にファイルをコピーする程度なんじゃないか、と想像してみた。あとは Database にも何かを書き込んでいるかな、と。(あまり複雑に書き込まれていると手が出ないかも)
じゃぁどれが設定ファイルなんだろうかと見渡せば *.dnn があやしい。んでこれを秀丸で開いてみたらビンゴ。

まずは 4.05 の DNN_HTML.dnn の中身。
<files> セクションの下の <file> に <path> とか <name> でパスやファイル名が書いてある。
なるほどこれらの場所にファイルがコピーされるんだ、と。
大胆にこれらのファイルと思われるものを削除。結果動かなかったら再構築するつもり。大丈夫、責任はオイラが持つ。
しかし最後に 1個ファイルが残ってしまった。DNN_HTML.dnn.config ってやつ。あ、".config" が追加されただけで今開いているファイルと同じ物なのね。

んで次に 3.3 の DNN_HTML.dnn を開き、記述内容に従ってファイルをコピー。

とりあえずトップページを読み込んでみる。動いた !!
ホスト管理ユーザーでログインしてモジュール定義ページを見てみる。
Text/HTML モジュールのバージョン表記が 04.05.00 のままでした。
こりゃどこかに書き込まれているに違いない。データベースか?
SQL Server Management Studio で DNN のデータベースにログインし、テーブル一覧を眺める。dbo.DesktopModules, dbo.HtmlText, dbo.ModuleControls, dbo.ModuleDefinitions, dbo.ModulePermission, dbo.Modules, dbo.ModuleSettings なんてあたりがあやしい。
とりあえず dbo.DesktopModules を開いてみると "DesktopModuleID" "FriendlyName" "Version" て列が目に入る。FriendlyName 列を見ていくと "Text/HTML" て値の行を発見。その横の "Version" 列の値が "04.05.00" になってる。コレですね。とりあえず値を "03.03.00" に戻してブラウザで確認。
オーケー、謎は解けた。