従兄弟んとこの現象。
XP に iTunes を入れて iPhone 3GS と同期させてます。
昨夜気づいたのだが、IE のお気に入りの中に ".DAT" から始まるファイルが大量に作られてしまい、消してもきりがない、と。
現地での確認はしてませんが、Web に潜ったところ同じ現象の人も何人かいるようでした。しかしズバリな解決情報が見つかりませんでした。
しかしコレは？ と思う情報がありました。
ノートンのリソース

もしかしたらお気に入りを同期対象にしていて、かつノートンさんを使っている場合の現象かもしれませんね。
同期作業のために iTunes が一時的にファイルを作り、同期後に消そうとしたらノートンさんがスキャンするために開いていたのでファイルにロックが掛かってしまって消せなかったために残っちゃった、と

今のところは手動で毎回消すか、お気に入りを同期対象から外すぐらいしか対応方法がないですかね。
お気に入りフォルダにテンポラリ ファイルを作るのってどうよ。
改善されるかな。


-- 2012年11月20日追記 --
なつさんのコメント
従兄弟の環境も昔とは変わってしまったので試せませんが、せっかくなので本文に引用しておきます。
iphone側でなく、iTunesで設定してください。
itunes起動＞●●のiphone＞情報タブ＞WEB ブラウザ＞ブックマークを同期のチェックを外す
WEBブラウザを同期する必要があるときは、.datファイルを作るので、改めて削除する必要があるとおもいます。