まぁね、WSUS がため込んでるデータ量が多すぎて処理が続行不可になってるって話じゃないと思ってますよ。
そこはまだ楽観的です。
新しい更新プログラムも取りに行けているしクライアントも Windows Update の処理ができていますし。

とは言え広大なネットの海にダイブして下記の情報を引っかけました。
その割にはどちらも Technet のフォーラムですが。。。

Getting past WSUS Cleanup Wizard time out, removing unnecessary updates.

なんかね、WSUS 3.0 が使っているデータベースが持っているストアド プロシージャーに spGetObsoleteUpdatesToCleanup ってのがあるらしいんですよ。
Get Obsolete Updates って言うぐらいだから古い更新情報を取得するってことだよね。
で、こいつはヒットした更新情報の ID 一覧を出力する。
そして spDeleteUpdate っていうストアド プロシージャの引数 @localUpdateID にヒットした ID を与えてあげると更新情報のレコードを削除するよっていう話らしい。

ただ spGetObsoleteUpdatesToCleanup で尋常じゃない数の更新情報が出力されるので、結果をいったん一時テーブルに登録して、WHILE を使って一つずつ spDeleteUpdate に渡してやろうっていうのが次のリンク。

WSUS Cleanup - can this be done is phases?

ザックリとまとめるとこんな感じ。

use SUSDB;
GO

DECLARE @var1 INT
DECLARE @msg nvarchar(100)

-- spGetObsoleteUpdatesToCleanup の結果を一時テーブル #results に格納
CREATE TABLE #results(Col1 INT)
INSERT INTO #results(Col1) EXEC spGetObsoleteUpdatesToCleanup

DECLARE WC Cursor FOR
    SELECT Col1 FROM #results
	
OPEN WC
FETCH NEXT FROM WC
INTO @var1

WHILE(@@FETCH_STATUS > -1)
BEGIN
    SET @msg = 'Deleting ' + CONVERT(varchar(10), @var1)
    RAISERROR(@msg, 0, 1) WITH NOWAIT EXEC spDeleteUpdate @localUpdateID=@var1
    FETCH NEXT FROM WC
    INTO @var1
END

CLOSE WC

DEALLOCATE WC

DROP TABLE #results

これを sql ファイルとして保存して Management Studio とかで流してあげればいいよね。

それでどれだけ効果があるのかわからないけれど。

-- 追記です --

この件、解決しましたのでリンクしておきます。